Prezes NIK powoływany jest przez Sejm za zgodą Senatu na wniosek Marszałka Sejmu lub grupy co najmniej 35 posłów. Kadencja prezesa NIK trwa 6 lat. Może być wybrany na kolejną kadencję tylko raz.
Wiceprezesi NIK powoływani i odwoływani są przez Marszałka Sejmu, po zasięgnięciu opinii właściwej komisji sejmowej, na wniosek prezesa NIK. Czas pełnienia funkcji przez wiceprezesów NIK nie jest określony.
Dyrektor generalny NIK powoływany i odwoływany jest przez prezesa NIK za zgodą Marszałka Sejmu. Czas pełnienia funkcji przez dyrektora generalnego NIK nie jest określony.