Marian Banaś jest absolwentem Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Jagiellońskiego (1979). W 1980 r. ukończył studia podyplomowe z zakresu religioznawstwa, studiował też filozofię na Papieskiej Akademii Teologicznej. Odbył pozaetatową aplikację sądową zakończoną w 1996 r. egzaminem sędziowskim oraz aplikację NIK-owską. Ukończył również Podyplomowe Studia Audytu Wewnętrznego (2009-2010).
W latach 1976-1980 jeden z założycieli i działaczy Akcji na rzecz Niepodległości oraz Instytutu Katyńskiego. Od 1981 do 1983 r. odbywał karę pozbawienia wolności za działalność w „Solidarności". W 1990 r. odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski przez rząd RP na uchodźstwie, w 2011 r. Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski przez Prezydenta RP, został też wyróżniony Medalem „Niezłomnym w Słowie". W 2015 r. prezydent RP Andrzej Duda odznaczył go Krzyżem Wolności i Solidarności.
Doradzał ministrowi spraw wewnętrznych w okresie rządu Jana Olszewskiego. Od 1992 roku pracował w Najwyższej Izbie Kontroli na różnych stanowiskach (m.in. głównego specjalisty i doradcy prawnego). Od 21 listopada 2005 r. do 2 stycznia 2008 r. był podsekretarzem stanu w Ministerstwie Finansów, od 28 listopada 2005 także szefem Służby Celnej.
19 listopada 2015 r. powołany na stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Finansów, a 9 grudnia 2016 r. sekretarza stanu oraz szefa Krajowej Administracji Skarbowej i Służby Celnej. Pełnił również funkcje Generalnego Inspektora Informacji Finansowej oraz Pełnomocnika Rządu do Spraw Zwalczania Nieprawidłowości Finansowych na Szkodę Rzeczypospolitej Polskiej lub Unii Europejskiej. Od 4 czerwca 2019 r. do 30 sierpnia 2019 r. pełnił funkcję ministra finansów.
30 sierpnia 2019 r. został powołany przez Sejm na prezesa Najwyższej Izby Kontroli. Tego samego dnia, po zatwierdzeniu przez Senat i złożeniu przysięgi, rozpoczął swoją sześcioletnią kadencję jako szef NIK.
Mąż i ojciec. Uprawia sport, z zamiłowania trener karate.