Od czasu powstania NIK w 1919 r. do lat trzydziestych siedziba Izby mieściła się w budynku pozostawionym przez żandarmerię niemiecką (cyrkuł) na rogu ulic Żurawiej i Poznańskiej.
W roku 1944 większość zabudowy ulicy Żurawiej została zniszczona. Budynek przetrwał wojnę. Został zmodyfikowany i rozbudowany. W obecnej formie stoi frontem do ul. Nowogrodzkiej, a tylną elewacją do ul. Żurawiej. Zajmuje go dziś Urząd m.st. Warszawy Dzielnica Śródmieście.
Od lat trzydziestych do wybuchu II wojny światowej siedziba NIK mieściła się w alei Szucha 23. Gmach Najwyższej Izby Kontroli wybudowano w 1929 r. według projektu Tadeusza Leśniewskiego. Architektura budynku zaprojektowana została w stylu zmodernizowanego klasycyzmu. Fasadę gmachu licowano czerwonym piaskowcem. Detale zewnętrzne i wystrój wnętrz utrzymano w stylu art déco. Obecnie budynek jest siedzibą Ministerstwa Spraw Zagranicznych.
Do chwili zorganizowania powojennej NIK funkcjonowało w Polsce tymczasowe Biuro Kontroli. Od września 1944 do marca 1945 roku urzędowało ono w gmachu przy Prezydium Krajowej Rady Narodowej. Budynek ten jest obecnie siedzibą Urzędu Wojewódzkiego w Lublinie.
W 1929 r. przy ulicy Targowej 74 powstał kompleks budynków przeznaczony dla Dyrekcji Kolei Państwowych. Jego architektura, zgodnie z projektem Mariana Lalewicza, utrzymana została w stylu modernistycznym z elementami klasycyzmu. We wnętrzach dominuje art déco, ale np. przy wejściu do budynku znajdziemy wolno stojący dorycki portyk. W skład kompleksu wchodzi 7 obiektów - pięć połączonych ze sobą biurowców oraz dwa budynki mieszkalne przy ul. Wileńskiej 2/4. Po II wojnie światowej jeden z budynków mieszkalnych przeznaczono do użytku publicznego. To właśnie w nim urzędowało Biuro Kontroli od marca do lipca 1945.
Ciekawa jest historia gmachu w alei Szucha 25. Jego projekt w stylu klasycyzmu redukcyjnego powstał w 1925 roku. Trzy lata później zakończono prace budowlane. Wnętrza gmachu wykończono w modnym ówcześnie stylu art déco. W czasie II wojny światowej budynek zajęli hitlerowcy. Po wojnie część gmachu przydzielono Ministerstwu Oświaty, a część wydzielono dla Biura Kontroli (lata 1945-1949). W 1949 r. Sejm Ustawodawczy powołał ponownie Najwyższą Izbę Kontroli, która przejęła siedzibę Biura Kontroli. NIK korzystała z niej do roku 1958, wyłączając lata 1952-1957 kiedy czasowo przestała istnieć, a jej miejsce zajęło Ministerstwo Kontroli Państwowej. Obecnie budynek w alei Szucha 25 zajmuje w całości Ministerstwo Edukacji Narodowej.
Od końca 1958 roku do połowy roku 1986 NIK zajmowała część budynku przy ulicy Marszałkowskiej 82. To pierwszy nowy budynek wybudowany w powojennej Warszawie. Zaprojektowany w 1946 r. przez Marka Leykama w stylu modernizmu historyzującego, oddany został do użytku cztery lata później. Początkowo budynek przeznaczono dla Ministerstwa Hutnictwa. Dziś mieści się w nim siedziba sądów rejonowych. Potocznie nazywany jest „żyletkowcem” ze względu na charakterystyczną konstrukcję okien. Budynek ten kojarzony jest również z Centralną Składnicą Harcerską, która przez wiele lat mieściła się na jego niższych kondygnacjach.
Od połowy 1986 roku NIK rezyduje w budynku przy ul. Filtrowej 57. Obecna siedziba Izby wzniesiona została w 1938 r. dla warszawskiego Urzędu Wojewódzkiego. Budynek nawiązywał układem do barokowych pałaców magnackich. Przed wybuchem II wojny światowej w gmachu mieściły się m.in.: Wydział Przemysłowy, Wydział Rolnictwa, Wydział Reform Rolnych, Wojewódzki Urząd Rozjemczy, Biuro Pomiarów i Zabudowy Miast oraz Okręgowy Urząd Ziemski. Podczas niemieckiej okupacji budynek zajął Urząd Gubernatora Dystryktu Warszawskiego. Po 1945 r. w gmachu mieściło się m.in. Ministerstwo Przemysłu Ciężkiego, Ministerstwo Żeglugi oraz Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej.