Najwyższa Izba Kontroli jest naczelnym organem kontroli państwowej i podlega Sejmowi RP. Podległość ta wynika z Konstytucji RP i ustawy o NIK.
Zapisy powyższych aktów prawnych określają, jakie dokumenty Izba ma obowiązek przedkładać Sejmowi.
Izba jest zobowiązana również przekazywać Sejmowi roczny plan pracy. Ustawa daje także Sejmowi i jego organom prawo zlecania kontroli.
Prezes NIK, wykonując obowiązki określone w Konstytucji RP, ustawie o NIK i regulaminie Sejmu RP, uczestniczy w plenarnych posiedzeniach Sejmu. Rokrocznie przedstawia Sejmowi Analizę wykonania budżetu państwa i założeń polityki pieniężnej oraz Sprawozdanie z działalności NIK.
Przedstawiciele Izby każdego roku biorą udział w setkach posiedzeń komisji i podkomisji sejmowych. Prezentują wyniki i udzielają wyjaśnień odnośnie przeprowadzonych kontroli, jak również zgłaszają opinie do poselskich inicjatyw ustawodawczych. Przedstawiciele Izby mogą także, wykorzystując ustalenia kontroli oraz wynikające z nich oceny i wnioski, zgłaszać uwagi do sprawozdań i informacji przedkładanych danej komisji przez przedstawicieli rządu lub inne osoby uczestniczące w posiedzeniu.
NIK stale współpracuje z Komisją do Spraw Kontroli Państwowej. Do zakresu jej kompetencji należy m.in. opiniowanie planu pracy NIK, rocznego sprawozdania, projektu statutu, budżetu oraz sprawozdania z jego wykonania. Komisja dokonuje okresowych ocen działalności Izby, w tym analizuje przedłożone informacje o wynikach kontroli oraz stan realizacji wystąpień pokontrolnych. NIK przedstawia Komisji również szczegółowe opracowania tematyczne, dotyczące m.in. działalności międzynarodowej, współpracy NIK z innymi organami kontroli w Polsce oraz analizę skarg i wniosków wpływających do Izby.