W skontrolowanym okresie, czyli - 2000-2003(I kw.) – oddano do użytku 136 km autostrad. Zamiast budować drogi sporządzano nowe programy budowy, o charakterze życzeniowym, nie powiązane zbytnio z możliwościami w tym zakresie. Jeżeli powstały jednak odcinki autostrad – to za pieniądze publiczne – nie zaś w systemie koncesyjnym, jak zakładano. Środki finansowe zgromadzone na budowę nie zostały wykorzystane ani zwiększone. Natomiast środki uruchomione, wydane zostały w dużej mierze niecelowo i niegospodarnie.
W latach objętych kontrolą nie dokonał się zapowiadany postęp w budowie autostrad. Przede wszystkim dlatego, że nie zapewniono przedsięwzięciu finansowania. Krajowy Fundusz Autostradowy, ustanowiony na podstawie ustawy o autostradach płatnych, nie podjął działalności, ponieważ nie zostały wydane przepisy wykonawcze.
W 2002 r. Minister Infrastruktury wydał dokument (przyjęty przez Radę Ministrów) „Infrastruktura – Klucz do Rozwoju”. Zapowiada w nim radykalne zwiększenie tempa budowy nowych odcinków. Jednakże zamiast przyspieszenia będzie opóźnienie, o co najmniej rok, w realizacji programów autostradowych. Wynika to po części z odrzucenia przez Sejm zmodyfikowanego programu budowy autostrad przewidującego m.in. wprowadzenie opłat winietowych. Negatywnie na wartość merytoryczną programu wpłynęło oparcie go na pospiesznie powstałych i niedopracowanych rozwiązaniach. Kosztowny raport, który stał się bazą do programu opracowała w 10 dni firma audytorska PWC, korzystając przy tym z ogólnie dostępnych źródeł.
Administracja drogowa traci ok. 170 mln złotych rocznie, nie pobierając opłat za przejazd na wybudowanej trasie Wrocław – Katowice, ponieważ Ministerstwo Infrastruktury nie rozstrzygnęło postępowania przetargowego na koncesjonariusza eksploatacji autostrady, czego wymaga prawo. Z opłat za przejazd miał być spłacany dług zaciągnięty w EBI. Obecnie odsetki od niego spłaca budżet. Brak koncesjonariusza powoduje również, że na nienależycie chronionych odcinkach autostrady dochodzi do kradzieży elementów drogi (np. siatki, bram, barier ochronnych).
Najwyższa Izba Kontroli stwierdziła, iż brak postępu w budowie:
v A1: Gdańsk – Nowe Marzy – parafowany projekt umowy nie jest kontynuowany, ponieważ sprzeciwiło się mu Ministerstwo Finansów, gdyż brak było uzgodnień międzyresortowych i wewnątrzresortowych na etapie negocjacji umowy.
v A4: Katowice – Kraków – nie zamknięto umowy koncesyjnej z 1997r., mimo zawarcia w 2001 aneksu do umowy. Powód – brak nowelizacji ustawy o autostradach płatnych.
v A2: Świecko – Konin - zwlekano z rozpoczęciem budowy. Autostrada Wielkopolska otrzymała koncesję w marcu 1997r. Pierwszy odcinek trasy planowano oddać do użytku pod koniec listopada 2003r.
NIK ocenia negatywnie niewykorzystanie przez jednostki organizacyjne GDDKiA ok. 30% zaplanowanych środków na realizację wieloletnich inwestycji autostradowych, których cześć pochodziła ze środków pomocowych UE (ISPA). Negatywne następstwa niepełnego wykorzystania pieniędzy były pogłębiane przez niegospodarne ich wykorzystanie, np.:
- w 2001r. GDDP uzgodniła z wykonawcą budowy odcinka autostrady A4, aby w ramach wyposażenia zaplecza budowy dostarczył on dla Inżyniera nadzoru budowlanego 10 samochodów oraz laboratorium drogowe i komplet sprzętu geodezyjnego.
- również w ramach budowy obwodnicy Poznania (autostrada A2) sfinansowano zakup wyposażenia zaplecza dla inżyniera budowlanego tej inwestycji. Oprócz sprzętu biurowego i pomieszczeń kupiono 12 samochodów osobowych do nadzoru 13,3 km odcinak autostrady.
- w latach 1998-2001 nie został wykorzystany grant (820.000 euro) przyznany Polsce na sfinansowanie „Systemu zarządzania informacja przestrzenną”.
- w 2000r. Agencja Budowy i Eksploatacji Autostrad wykupiła 790 działek w pasie drogowym A1, na odcinkach, których budowa nie jest ujęta w aktualnie obowiązującym programie budowy autostrad.
- ponadto niektóre badania archeologiczne wykonana w latach 2000-2002 prowadzone były na niewykupionych działkach.
W okresie objętym badaniami NIK, właściwi ministrowie nie zorganizowali nadzoru nad budową A2 na odcinku Konin – Nowy Tomyśl, w zakresie gwarantowanego przez rząd kredytu EBI. Zakres kontroli realizowanej przez GDDKiA ograniczał się do śledzenia postępu robót oraz stanu rozliczeń koncesjonariusza ze spółką realizacyjną. Ponadto Dyrektor Generalny DDiK nie kontrolował zgodności przebiegu ww. odcinka budowy autostrady z warunkami koncesji, co było jego ustawowym obowiązkiem.
Mimo złożenia wniosku o uzyskanie wskazań lokalizacyjnych, niezbędnych do podjęcia przygotowań do budowy autostrady A2 (Stryków – Warszawa), nie uzgodniono z władzami samorządowymi Warszawy powiązania układów komunikacyjnych miasta z siecią dróg krajowych.
W trakcie kontroli NIK stwierdziła, że przy udzielaniu części zamówień na usługi doradcze nie przestrzegano ustawy o zamówieniach publicznych. Ponadto zawarte umowy nie zabezpieczały należycie interesów zamawiającego – np. wynagrodzenie doradcy ustalono według stawek godzinowych, niezależnie od efektów pracy. Spośród 10 zbadanych umów tylko jedna była poprzedzona przetargiem nieograniczonym.
Z naruszeniem przepisów skontrolowane jednostki wydały 1.494,2 tys. zł, uchybienia miały miejsce przede wszystkim w realizacji zamówień na usługi doradcze. NIK podjęła działania mające na celu odzyskanie środków finansowych w kwocie 503,1 tys. zł.