Zasady wynagradzania pracowników Najwyższej Izby Kontroli są uzależnione od przynależności do poszczególnych kategorii pracowników Izby.

Zasady wynagradzania członków kierownictwa NIK (Prezesa i wiceprezesów) określa ustawa o wynagrodzeniu osób zajmujących kierownicze stanowiska państwowe. Zasady wynagradzania oraz stawki wynagrodzenia pracowników Najwyższej Izby Kontroli na podstawie art. 97 ustawy o NIK określa Marszałek Sejmu na wniosek Prezesa Najwyższej Izby Kontroli. Realizując delegację ustawową Marszałek Sejmu wydał zarządzenie z dnia 8 sierpnia 1995 r. w sprawie wynagradzania pracowników Najwyższej Izby Kontroli określając zasady wynagradzania oraz ustalając tabelę stanowisk, kwalifikacji i zaszeregowania oraz tabele miesięcznych stawek wynagrodzenia zasadniczego i dodatku funkcyjnego.

 

Oprócz wynagrodzenia zasadniczego pracownikom NIK przysługują dodatki do wynagrodzenia, których rodzaje i wysokość zależy od przynależności do poszczególnych grup pracowniczych oraz konkretnego stanowiska. Wszystkim pracownikom NIK przysługuje dodatek za wieloletnią pracę w wysokości wynoszącej po 5 latach pracy 5% miesięcznego wynagrodzenia zasadniczego. Dodatek ten wzrasta o 1% za każdy dalszy rok pracy, aż do osiągnięcia 20% wynagrodzenia zasadniczego.
Pracownikom zatrudnionym na stanowiskach związanych z wykonywaniem funkcji kierowniczych przysługuje dodatek funkcyjny według stawki przewidzianej dla zajmowanego stanowiska w wysokości określonej w tabeli stanowiącej załącznik Nr 3 do ww. zarządzenia. Pracownikom nadzorującym lub wykonującym czynności kontrolne, którym powierzono obowiązki związane z kierowaniem pracą wydziału lub sekcji w okresie ich wykonywania może być przyznany dodatek funkcyjny w wysokości określonej w tabeli stanowiącej załącznik Nr 3 do ww. zarządzenia. Pracownikom nadzorującym lub wykonującym czynności kontrolne przysługuje dodatek kontrolerski w wysokości od 20% do 50% wynagrodzenia zasadniczego, przy czym młodszemu inspektorowi kontroli państwowej dodatek może być przyznany w wysokości do 20% wynagrodzenia zasadniczego.
W ramach posiadanych środków na wynagrodzenia Prezes NIK przyznaje pracownikom nadzorującym i wykonującym czynności kontrolne dodatek służbowy w wysokości do 80% łącznego wynagrodzenia zasadniczego i dodatku kontrolerskiego, a pracownikom administracyjnym dodatek służbowy w wysokości do 80% łącznego wynagrodzenia zasadniczego i dodatku funkcyjnego lub wynagrodzenia zasadniczego. Ponadto pracownikom NIK wykonującym prace w warunkach uciążliwych lub szkodliwych dla zdrowia przysługuje odpowiedni dodatek na zasadach określonych w przepisach o pracownikach urzędów państwowych. Pracownikom nadzorującym i wykonującym czynności kontrolne pełniącym dodatkowo funkcje opiekunów wobec pracowników odbywających aplikację kontrolerską, w okresie pełnienia tej funkcji może być przyznany dodatek w wysokości 15% wynagrodzenia zasadniczego.
Zgodnie z art. 84 ustawy o NIK w Izbie tworzy się fundusz nagród wynoszący 8,5% funduszu płac. Zasady przyznawania i wysokość funduszu w podziale na poszczególne jednostki organizacyjne określa Prezes NIK w uzgodnieniu ze Związkiem Zawodowym Pracowników NIK. Propozycje dotyczące wysokości nagród przyznawanych poszczególnym pracownikom przedstawia dyrektor właściwej jednostki organizacyjnej, przy czym wysokość jednej nagrody nie może przekraczać 3-krotnej wysokości średniej nagrody w NIK. Decyzję o wypłacie nagrody podejmuje Prezes NIK. Podstawą przyznania nagrody pracownikowi jest pozytywna ocena jego pracy.
Dla pracowników zatrudnionych na stanowiskach obsługi na podstawie § 9 ust. 1 zarządzenia Marszałka Sejmu w sprawie wynagradzania pracowników NIK tworzy się fundusz premiowy. Zasady premiowania pracowników obsługi określa zarządzenia Prezesa NIK Nr 12/95 z dnia 18 października 1995 r. w sprawie regulaminu premiowania pracowników obsługi w NIK. Zgodnie z § 1 ww. zarządzenia Prezesa NIK pracownikom obsługi, którzy prawidłowo wykonują swoje obowiązki przysługuje miesięczna premia indywidualna w wysokości od 20% do 80% wynagrodzenia zasadniczego należnego za miesiąc objęty premią.
Zgodnie z § 10 zarządzenia Marszałka Sejmu w sprawie wynagradzania pracowników NIK tworzy się fundusz nagród w wysokości 3% planowanych wynagrodzeń osobowych z przeznaczeniem na nagrody za osiągnięcia w pracy zawodowej. Fundusz pozostaje w dyspozycji Prezesa NIK.