Mianowani pracownicy Najwyższej Izby Kontroli ponoszą odpowiedzialność dyscyplinarną za naruszenie obowiązków służbowych lub uchybienie godności stanowiska.
Karami dyscyplinarnymi są:
- upomnienie,
- nagana,
- nagana z pozbawieniem możliwości awansowania przez okres do 3 lat do wyższej grupy wynagrodzenia,
- przeniesienie na niższe stanowisko służbowe z jednoczesnym obniżeniem wynagrodzenia o jedną kategorię,
- wydalenie z pracy w NIK.
W sprawie odpowiedzialności dyscyplinarnej nie można wszcząć postępowania po upływie 3 miesięcy od dnia uzyskania przez przełożonego wiadomości o popełnionym przewinieniu, jak również nie można wszcząć postępowania ani wydać orzeczenia o ukaraniu po upływie 3 lat od jego popełnienia. W sprawach dyscyplinarnych orzekają, na zasadzie niezawisłości, Komisja Dyscyplinarna i Odwoławcza Komisja Dyscyplinarna przy Prezesie NIK. Szczegółowe zasady postępowania dyscyplinarnego określa wydane na podstawie art. 89 ust. 8 ustawy o NIK zarządzenie Marszałka Sejmu z dnia 8 sierpnia 1995 r. w sprawie postępowania dyscyplinarnego w Najwyższej Izbie Kontroli (M.P. Nr 40, poz 474)).Pracownicy zatrudnieni na podstawie umowy o pracę ponoszą odpowiedzialność porządkową za naruszenie obowiązków służbowych na zasadach określonych w Kodeksie pracy.