Marek Zająkała urodził się 25 kwietnia 1955 roku w Gdańsku. Jest absolwentem filologii polskiej Uniwersytetu Gdańskiego. Pracował między innymi w Robotniczym Klubie Sportowym „Stoczniowiec” oraz Spółdzielni Pracy Usług Wysokościowych „Gdańsk”. W latach 1990-1991 kierował działem depesz „Gazety Gdańskiej”. Od stycznia 1991 roku do kwietnia 1992 roku pełnił stanowisko dyrektora generalnego Departamentu Informacji i Analiz w Biurze Bezpieczeństwa Narodowego Kancelarii Prezydenta RP. W listopadzie 1992 roku objął stanowisko wicedyrektora Departamentu Planowania i Koordynacji NIK. Od 1998 roku był doradcą Prezesa NIK. Od lutego 2000 roku zajmował stanowisko dyrektora Departamentu Pracy, Spraw Socjalnych i Zdrowia, a od maja 2003 - dyrektora Departamentu Obrony Narodowej i Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Od 2005 roku do czasu powołania na stanowisko Wiceprezesa NIK był sekretarzem stanu w MON.