Marek Chodkiewicz urodził się w 1952 roku w Gdańsku. Jest absolwentem Wyższej Szkoły Inżynierskiej w Koszalinie o specjalności konstrukcje budowlano-inżynierskie. W latach 1979–1994 pracował jako inżynier w firmach związanych z obsługą budowlaną i nadzorem nad pracami remontowo-budowlanymi. W latach 1994–1997 pełnił funkcję Zastępcy Dyrektora Biura Kontroli Telewizji Polskiej S.A., gdzie odpowiadał m.in. za kontrolę wydatków związanych z produkcją telewizyjną oraz inwestycji prowadzonych przez TVP S.A. W okresie od 1997 do 2001 r. był zatrudniony w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów na stanowisku Dyrektora Gospodarstwa Pomocniczego (realizacja inwestycji i remontów, obsługa logistyczna KPRM). W latach 2002–2004 pracował w Najwyższej Izbie Kontroli jako Zastępca Dyrektora Departamentu Gospodarczego. W okresie 2004–2006 był Dyrektorem Biura Administracyjno – Gospodarczego Urzędu Miasta St. Warszawy. Od stycznia 2006 r. do września 2006 pełnił funkcję Koordynatora Urzędu Miasta St. Warszawy, gdzie odpowiadał m.in. za pracę biur: Infrastruktury, Ochrony Środowiska, Sportu oraz Archiwum. Od marca 2007 r. pełnił funkcję Zastępcy Szefa Służby Wywiadu Wojskowego. W dniu 1 grudnia 2007 r. Prezes NIK - po wyrażeniu zgody przez Marszałka Sejmu - powołał go na stanowisko Dyrektora Generalnego NIK.
Jego zainteresowania to turystyka górska, jazda konna, narciarstwo i muzyka.